Prinsip utama penggunaan Dana BOS di sekolah harus didasarkan pada kesepakatan dan keputusan bersama antara Tim Manajemen BOS Sekolah, Dewan Guru dan Komite Sekolah, yang harus didaftar sebagai salah satu sumber penerimaan dalam RKAS/RAPBS disamping dana yang diperoleh dari Pemerintah Daerah atau sumber lainnya. Hasil kesepakatan penggunaan dana BOS (dan dana lainnya tersebut) harus dituangkan secara tertulis dalam bentuk berita acara rapat yang dilampirkan tanda tangan seluruh peserta rapat yang hadir.
Adapun penggunaan dana BOS untuk membeayai kegiatan kegiatan sebagai berikut:
1. Pembeayaan seluruh kegiatan dalam rangka penerimaan siswa baru, yaitu beaya pendaftaran, penggandaan formulir, administrasi pendaftaran, pendaftaran ulang, pembuatan spanduk sekolah gratis, serta kegiatan lain yang berkaitan langsung dengan kegiatan tersebut (misalnya untuk photocopy, konsumsi panitia dan uang lember dalam rangka penerimaan siswa baru dan lainnya yang relevan).
2. Pembelian buku referensi dan pengayaan untuk dikoleksi di perpustakaan (hanya bagi sekolah yang tidak menerima DAK)
3. Pembelian buku teks pelajar-an lainnya untuk koleksi.
4. Pembeayaan kegiatan pembelajaran remedial, pembelajaran pengayaan, pemantapan persiapan ujian, olah raga, kesenian, karya ilmiah remaja, pramuka, palang merah remaja, usaha kesehatan sekolah (UKS), dan sejenisnya. (misalnya untuk honor jam mengajar tambahan diluar jam pelajaran, beaya transportasi dan akomodasi siswa dan guru dalam rangka mengikuti lomba, photocopy, membeli alat olahraga, alat kesenian, perlengkapan kegiatan ekstra kurikuler dan beaya pendaftar an mengikuti lomba).
5. Pembeayaan ulangan harian, ulangan umum, ujian sekolah dan laporan hasil belajar siswa (misalnya untuk photocopy penggandaan soal, honor koreksi ujian dan honor guru dalam rangka penyusunan rapor siswa).
6. Pembelian bahan bahan habis pakai seperti buku tulis, kapur tulis, pensil, spidol, kertas, bahan praktikum, buku induk siswa, buku inventaris, langganan koran / majalah pendidikan, minuman dan makanan ringan untuk kebutuhan sehari-hari disekolah, serta pengadaan suku cadang alat kantor.
7. Pembeayaan langganan daya dan jasa yaitu listrik, telepon, air, internet, termasuk untuk pemasangan baru jika sudah ada jaringan disekitar sekolah Khusus disekolah yang tidak ada jaringan listrik dan jika sekolah tersebut memerlukan jaringan listrik untuk proses belajar mengajar disekolah, maka diperkenankan untuk membeli genset.
8. Pembeayaan perawatan sekolah, yaitu pengecatan, perbaikan atap bocor, perbaikan pintu dan jendela, perbaikan meja belaiar, perbaikan sanitasi sekolah, perbaikan lantai ubin/keramik dan perawatan fasilitas sekolah lainnya.
9. Pembayaran honorarium bulanan guru honorer dan tenaga kependidikan honorer. Di sekolah SD diperbolehkan untuk membayar honor tenaga yang membantu administrasi BOS.
10. Pengembangan profesi guru seperti pelatihan, KKG/MG MP dan KKKS/MKKS. Khusus untuk sekolah yang memperoleh hibah / block grant pengembangan KKG/MGMP atau sejenisnya pada tahun anggaran yang sama tidak di perkenankan menggunakan dana BOS untuk peruntukan yang sama.
11. Pemberian bantuan beaya transportasi bagi siswa miskin yang menghadapi masalah beaya transport dari dan kesekolah. Jika dinilai lebih ekonomis, dapat juga untuk membeli alat transrtasi sederhana yang akan menjadi barang inventaris sekolah (misalnya sepeda, perahu penyeberangan dll).
12. Pembeayaan pengelolaan BOS seperti alat tulis kantor (ATK), penggandaan, surat menyurat, insentif bagi bendahara dalam rangka penyusu nan laporan BOS dan beaya transportasi dalam rangka mengambil dana BOS di Bank.
13. Pembelian komputer desktop untuk kegiatan belajar siswa, maksimum 1 set untuk SD dan 2 set untuk SMP, pembelian 1 unit printer, serta kelengkapan komputer seperti hard disk, flash disk, CD/DVD dan suku cadang komputer atau printer
14. Bila seluruh komponen 1 s/d 13 diatas telah terpenuhi pendanaannya dari BOS dan masih terdapat sisa, maka sisa dana tersebut dapat dibelikan alat peraga, media pembelajaran, mesin ketik, mebeler sekolah dan peralatan untuk UKS. Bagi sekolah yang telah menerima DAK tidak diperkenankan menggunakan dana BOS untuk peruntukkan yang sama.
Penggunaan dana BOS untuk transportasi dan uang lelah bagi guru PNS diperbolehkan hanya dalam rangka penyelenggaraan suatu kegiatan sekolah selain kewajiban jam mengajar. Besaran/satuan beaya untuk transportasi dan uang lelah guru PNS yang bertugas diluar jam mengajar tersebut harus mengikuti batas kewajaran. Pemerintah Daerah wajib mengeluarkan peraturan tentang penetapan batas kewajaran tersebut di daerah masing-masing dengan mempertimbangkan faktor sosial ekonomi, faktor geografis dan faktor lainnya.
Khusus untuk SMP Terbuka, dana BOS digunakan juga untuk:
1. Kegiatan pembelajaran, yaitu kegiatan kegiatan yang terka-it dengan proses belajar mengajar, meliputi kegiatan :
a. Supervisi Kepala Sekolah diberikan maksimal sebesar Rp.150.000,- setiap bulan.
b. Supervisi Wakil Kepala Sekolah SMP Terbuka di berikan maksimal Rp.150 ribu rupiah.
c. Kegiatan tatap muka di sekolah induk oleh guru Binas, diberikan rata rata maksimal Rp.150.000,- perbulan tetapi secara proporsional disesuaikan dengan beban mengajar.
d. Kegiatan pembimbingan di TKB oleh guru pamong, masing masing diberikan maksimal Rp.150.000,- perbulan.
e. Kegiatan administrasi ketatausahaan oleh petugas tata usaha (1 orang) diberikan maksimal Rp.100.000,-/perbulan.
f. Pengelolaan kegiatan pembelajaran oleh pengelola TKB Mandiri diberikan TKB maksimal sebesar Rp.100.000,-
2. Beaya transportasi Guru Bina dan Guru Pamong dari SMP Induk ke TKB dan sebaliknya disesuaikan dengan kondisi geografis dan sarana transportasi, yaitu :
a. Transportasi Guru Bina ke TKB.
b. Transportasi Guru Pamong ke sekolah induk.
c. Transportasi Kepala Sekolah dan Wakil Kepala Sekolah Terbuka dalam rangka supervisi ke TKB.
d. Transportasi pengelola TKB mandiri ke sekolah Induk dalam rangka koordinasi, konsultasi dan pelaporan.
Sebagai penanggung jawab pengelolaan dan penggunaan dana BOS untuk SMP / TKB Mandiri tetap Kepala Sekolah induk.
