Menanggapi Putusan MK tentang RSBI dan SBI, Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Muhammad Nuh mengeluarkan Surat Edaran Nomor 017/MPK/SE/2013 pada tanggal 30 Januari 2013. Surat edaran tentang kebijakan transisi RSBI tersebut ditujukan kepada Gubernur, Bupati, Walikota, Dinas Pendidikan Provinsi dan Dinas Pendidikan Kabupaten / Kota seluruh Indonesia.
Dalam Surat edaran itu Mendikbud menegaskan beberapa hal pasca dihapusnya RSBI oleh Mahkamah Konstitusi antara lain kelembagaan, proses belajar mengajar, pembiayaan serta tanggung jawab pemerintah dan pemerintah daerah.
Secara kelembagaan dinyatakan bahwa semua sekolah yang selama ini mendapatkan izin dari Kemendikbud sebagai Rintisan Sekolah Bertaraf Internasionai (RSBI) kini berstatus menjadi sekolah reguler yang dibina oleh pemerintah daerah. Selanjutnya semua papan nama, kop surat, dan stempel sekolah yang menyebutkan atau menyatakan RSBI tidak dapat dipergunakan dalam proses administrasi atau manajemen sekolah.
Selain itu juga ditegaskan bahwa sekolah yang selama ini mendapatkan izin dari Kemendikbud sebagai RSBI tetap berlangsung sampai akhir Tahun Pelajaran 2012/2013 sesuai dengan Rencana Kegiatan dan Anggaran Sekolah (RKAS). Proses belajar-mengajar pada semua sekolah bekas RSBI itu mengacu pada Standar Nasiona! Pendidikan.
Mengenai pembiayaan ditentukan bahwa pemerintah daerah menyediakan anggaran untuk menjamin terselenggaranya pendidikan yang bermutu pada sekolah yang selama ini mendapatkan izin dari Kemendikbud sebagai RSBI. Sekolah juga tidak boleh menarik pungutan dari masyarakat yang terkait dengan program RSBI. Sekolah menerapkan pengelolaan pembiayaan sekolah reguler dengan manajemen berbasis sekolah. Masyarakat dapat berpartisipasi dalam penyelenggaraan pendidikan yang lebih bermutu.
SE Mendikbud ini juga menegaskan bahwa Pemerintah tetap bertanggung jawab mengusahakan dan menyelenggarakan satu sistem pendidikan nasional yang efisien dan efektif. Pemerintah melakukan pembinaan satuan pendidikan sesuai dengan Standar Nasional Pendidikan.
Sedangkan pemerintah daerah berkewajiban tetap mengelola sekolah yang selama ini mendapatkan izin dari Kemendikbud sebagai RSBI. Semua dokumen penganggaran yang menggunakan nomenklatur RSBI agar dilakukan revisi. Pemerintah daerah juga wajib menyediakan anggaran sekolah untuk menjamin peningkatan mutu pendidikan di daerahnya masing-masing.